Враќањето на Вито Џеновезе во САД не одело според планот. Иако тој сметал дека повторно ќе застане на чело на мафијата на Лучијано, сепак Френк Костело, кој го заменил кога пребегал во Италија одбил да му го отстапи „кумството“. Дури и втората по моќ позиција во мафијата останала во рацете на силеџијата Вили Морети, а Џеновезе бил назначен за „капо“ т.е водач на мафијашкото крило во Гриниџ Вилиџ.
Добрата страна во целата ситуација бил фактот дека поранешните непријатели на Вито Џеновезе се здобиле со чувство на сигурност за кое наскоро зажалиле. Двајцата клучни сведоци во судскиот процес кој го водела државата Њујорк против него умреле во првата недела откако тој се вратил во САД, па со тоа и случајот против него пропаднал.
Подоцна Џеновезе ги порачал и убиствата на Костело, Морети и Алберт Анастасија. Преживеал само Костело, но бил доволно уплашен за да се откаже од главната позиција во мафијата. Откако станал „кум“ на мафијата на Лучијано, тој ја преименувал во Џеновезе фамилија. Набрзо потоа тој го нарачал убиството на Ентони Строло и Ентони Карфано, а на највисоките позиции во мафијата ги назначил Филип Ломбардо, Герардо Катена и Мајк Миранда.
Во 1957 Геновезе ја договорил познатата „Апалачин“ средба во руралното гратче Апалачин во Њујорк. Поканил голем број мафијашки шефови за кои се надевал дека ќе ја потврдат неговата позиција како „капо ди тути капи“ т.е „шеф над шефовите“ во мафијата. За негова несреќа, состанокот се претворил во трагедија. Местото било надгледувано од полицијата, а полицајците на должност повикале засилување. Во хаосот што настанал, дел од мафијашите избегале, а дел биле уапсени. Освен тоа што полицијата го уништила планот на Џеновезе, во исто време ја разоткрила и мафијата Коза Ностра.
Во 1959 година, Вито Џеновезе бил осуден за продажба на големо количество на хероин. Бил осуден на 15 години затвор, а казната ја отслужувал во федералниот затвор во Атланта. Многумина сметале дека клучниот сведок во судењето лажел, а подоцна и самиот сведок изјавил дека бил ослободен од затвор за да сведочи против Џеновезе.
Дури и од затворската ќелија, Џеновезе продолжил да управува со неговата мафија. По десет години во затвор, Вито Џеновезе починал на на 14 февруари 1969 година од инфаркт. Бил погребан на гробиштата Сент Џејмс во Квинс, Њујорк.