Иако рецептот за пица што ги има истите состојки како маргарита е споменат во италијански готвач од 1866 година, друг настан – кој донесе слава – се смета како причина за неговото создавање. Првично, тоа беше повеќе „торта од домати“ што се продаваше на улиците и плоштадите на Неапол и главно беше храна на сиромашните. До јуни 1889 г., готвачот Рафаеле Еспозито од пицеријата „Бранди“ доби покана да подготви пици во Палацо Каподимонте – летната куќа на кралското семејство. Постојат неколку приказни за тоа зошто Рафаел ја добил поканата, од кои обично може да се слушнат две: првата – дека кралицата Маргарита побарала таква пица кога видела како луѓето јадат на улиците; а другата што пицата била направена по повод нејзиното пристигнување. Секако, пицата што ја направил за неа, без разлика дали таа сама ја барала или веќе ја чекала на масата, Рафаеле ја направи во боите на италијанското знаме: црвена (домат), бела (моцарела) и зелена (босилек).
Од 2009 година, рецептот и начинот на подготовка на маргарита пица е заштитен со етикетата на ЕУ „Specialità Tradizionali Garantite“. Маргарита што ја носи оваа етикета е направена на традиционален начин од квалитетни состојки. Забрането е употреба на современи алатки за правење тесто – тоа се подготвува со рака од мајстор за пица. Печете на 485 ° C точно 90 секунди. Печеното тесто не смее да биде подебело од 3мм со кора дебело од 1 до 2 см.