Архипелагот се состои од над 1500 мали острови, корални и песочни брегови, распоредени околу четирите главни острови, Misool, Salawati, Batanta и Waigeo. Раџа Ампат е дел од резерватот „Брдс Хед“ и е познат по своето огромно биолошко разнообразие – во неговите води живеат над 1000 видови риби, 537 корали и 699 мекотели. Имено од ова место произлегуваат повеќето видови корали на планетата, чии јајца океанските струи ги разнесуваат по целиот Тихи океан.
