Синот на Ettore Bugatti, Jean, погинал на 11 август 1939 година на возраст од 30 години, додека го тестирал моделот Type 57 во близина на фабриката Molsheim. Потоа се почнало да оди надолу. Во Втората светска војна била уништена фабриката во Molsheim, а компанијата ја изгубила контролата врз имотот. За време на војната, Bugatti дизајнирал серија на нови автомобили и планирал да направи нова фабрика во Levallois во Paris.
Ettore Bugatti починал на 21 август 1947 година.
Компанијата се обидела повторно да се врати на пазарот под водство на Roland Bugatti во средината на 50-тите години со тркачкиот модел Type 251, со помош на дизајнерот Gioacchino Colombo кој работел за Alfa Romeo, Ferrari и Maserati. Аавтомобилот не ги оправдал очекувањата, и обидот за враќање на компанијата на автомобилскиот пазар бил неуспешен.
Во 1960 година, Virgil Exner дизајнирал модел на Bugatti како дел од неговиот проект “Revival Cars”. Моделот бил изграден во Ghia каде била користена шасијата од моделот Bugatti Type 101, подоцна моделот бил прикажан на саемот во Torino во 1965 година. Проектот подоцна бил стопиран поради финансиски проблеми.
Bugatti продолжил со производството на авионски делови и бил продаден на компанијата Hispano-Suiza во 1963 година. Snecma ја презел функцијата во 1968 година, подоцна истото го направил и Messier. Во 1977 година, двете биле споени како Messier-Bugatti.
Италијанскиот претприемач Romano Artioli во 1987 година ги земал правата за името Bugatti, и ја создал компанијата Bugatti Automobili SpA во близина на Modena.
Во 1989 година плановите за новиот Bugatti биле презентирани од страна на Paolo Stanzani и Marcello Gandini, познати дизајнери на Lamborghini Miura и Countach. Презентираниот модел бил наречен Bugatti EB110 GT. Овој модел бил изложен и на пазарот во Америка под името Bugatti America но набргу бил стопиран поради финансиски проблеми на компанијата.
Во 1997 година германскиот производител Dauer Racing ја откупил лиценцата за моделот EB110 и преостанатите акции на Bugatti со цел да произведе уште пет модели на EB110, но фабриката подоцна била продадена на компанија за производство на мебел, која исто така, пропаднал пред да биде во можност да го покрене производството.
Можеби најпознатиот модел на Bugatti EB110 е оној кој бил купен од страна на седумкратниот светски шампион во Формула 1, Michael Schumacherво 1994 година додека бил возач во тимот на Benetton.
Во 1998 година Volkswagen AG ги откупил правата за производство на модели под името Bugatti и го создале моделот Bugatti EB 118.
Во 1999 година моделот Bugatti EB 218 бил претставен на саемот во Женева, а подоцна на саемот во Франкфурт бил претставен моделот Bugatti 18/3 Chiron, и на крај ремек делото моделотEB 16.4 Veyron.