Сузбивање на илирските, тракиските, грчките и епирските востанија
Македонскиот крал помина поголем дел од 345-тата во подреденост на бунтовите на освоените земји. Тој ја предводел македонската војска против илирите, дарданците и тракијците. Во 344 грците во Тесалија се побуниле, но нивните востанија брзо се разбиле.
Освојувањето на Тракија
Откако ги обезбедил граничните региони на Македонија, Филип ја собрал големата македонска војска и навлегол длабоко во Тракија. До 339 по победата на тракијците во низа битки, поголемиот дел од тракија била во македоснки раце, додека источните крајбрежни грчки градови од Византија и Perinthus успешно ја издржале долгата и тешка опсада. Но, и двете сигурно би биле паднати, доколку ја немале помошта од многу други грчки градови и персискиот цар, кој почнал со загриженост да го гледа и следи растот и ширењето на Македонија. Иронично, но грците ги поканија персијците да застанат на нивна страна против Македонија, иако персијанците биле најомразената нација од страна на Грција повеќе од еден век. Во тогашно време сеќавањето на персиската инвазија врз грција од пред 150 години сеуште била свежа, но грчката одмазда кон македонците го ставила ова на страна.
Победа над Скитите
Во пролетта 339 македонците се судриле со скитите во близина на Danube, кои ја преминале реката со голема војска. Филип доби победа, во која бил убиен и скитскиот цар Areas, биле земени 20 илјади сктиски жени и деца како робови. Но на враќање кон Македонија, тракискиот Triballians го нападнале македонскиот конвој, со што македонците го загубиле пленот, а Филип се здобил со тешки телесни повреди.
Освојувањето на Грција
Филип ги поминувал наредните неколку месеци во опоравување од повредите, но немал време да се релаксира. Грците започнале да се обединуваат и да создаваат голема војска. Веднаш со подобрувањето на неговото здравје, Филип почна да ја собира најголемата македонска војска, во која го даде и својот 18 годишен син Александар, заедно со македноските генерали да навлезат во Грција. Кај Херонеја во централниот дел од Грција се сретнале двете војски, каде грците имале 35 илјади пешадијци, 2000 коњаници, а македонците 30 илјади пешадија и 2000 коњаници. Иако побројни со многу тактики и координации на фалангите, македонците ја победиле обединетата грчка армија. Древните римски и грчки историчари, оваа битка на Херонеја на 2 август 338 п.н.е. ја сметаа како крај на грчката слобода и историја. Грација нема да си ја врати својата слобода од странска окупација се до раните години од 19 век.
Командантот на Грците, Илирите и Тракијците
Филип ги организирал сите грчки држави во грчка лига, која се формирала за да постои посебен сојуз со Македонија, но самата таа нема да биде членка во неа. Фислип кој се назначил себеси си за командант на грците, бидејќи веќе бил командант на освоените илири и тракијци. Грците исто како и илирите и тракијците, сега биле должни да го поддржуваат и да се покоруваат на македонскиот крал. Филип веќе почнал да прави планови за инвазија на Персиската Империја, која ќе ја круниса неговата кариера како светски освојувач. За да ја добие поддршката од грците, тој рекол дека ќе ги ослободи грчките градови во Мала Азија од персиското правило. Но оваа добро осмилена пропаганда не ги освои грците, кои добро знаеа дека ветувањата на Филип се само изговори за неговите идни освојувања. Затоа, во текот на следната година 337, грците официјално ја признале идеата на Филип за војната во Персија, десетици илјади грци испловеле до Мала Азија, за да се приклучат на персиската војска, против престојната македонска инвазија. Римскиот историчар Куртиус потврдил дека во времето кога македонската војска влегла во Азија, таму ги чекала огромна сила од 50 илјади грци, од копното на грција как ои од мала азија, во служба на персискиот цар.
Бракот со Клеопатра
Во меѓувреме Филип ја започнал подготовката за инвазија на Персија. Во тоа време, според древните историчари, тој ја направил најголемата грешка што се оженил со Клеопатра, девојче од високото македонско благородништво. Тој тогаш говорел дека тој брак е склучен од љубов. Но, овој брак бил причина да го прекине односот со Олимпија и неговиот син Александар. На свечената церемонија се случил конфликт помеѓу чичкото на Клеопатра, атал и Александар. Атал упатил навредливи зборови до Александар, при што тој се вознемирил и се обратил на својот татко, Филип II. Во својот говор кажал дека Филип е човек кој сака да премине од Европа во Азија, а неможе да одржи рамнотежа преминувајќи од една маса на друга. По тоа, Александар заедно со својата мајка Олимпија заминал во Епир. Иако му било дозволено да се врати, тој сепак останал таму со својата мајка. Во меѓувреме Филип и Клеопатра го добиле машкото дете, кој бил наречен Каран, во чест на основачот на македонската кралска династија.
Убивството на Филип
Пролетта во 336 година п.н.е Филип ја започнал инвазијата над Персија. Тој испратил генерали и 10.000 илјадна македонска војска да го отвори патот до Мала Азија, за подоцна да може да нападне главната војска. Додека македонците го преминувале Хелеспонт, во Македонија се подготвувала свадбата на ќерката на Филип, Клеопатра со принцот Александар од Епир. Првиот ден од свадбата поминал мирно. Но, вториот ден пред да влезат во театарот додека Филип минувал покрај својот син Александар и зетот Александар, бил прободен со нож при што починал на лице место. Убиецот бил еден млад македонски благородник, Павзаниј, кој се обидел да побегне, но бил спречен и убиен од страна на пријателите на Александар, синот на Филип.
Големиот македонски освојувач бил мртов, мажот кој ја ослободи неговата земја од окупацијата и од работ на бездната ја донел до светска сила. Неговиот сон за освојување на Персиската империја сега лежел во рацете на неговиот син, цар Александар III.
Македонија за време на смртта на Филип (336 п.н.е)
Зошто Павзаниј го убил големиот македоснки крал е прашањето на светските историчари. Постои тврдење дека Павзаниј го сторил тоа откако бил одбиен од кралот за правда, бидејќи тој побарал подршка во казнувањето на чичкото на Клеопатра, Атал кој наводно го малтетирал Павзаниј. Другата теорија пак е дека во смртта на Филип се вмешани и Олимпија и Филип. Тоа би можело да се објасни со тоа што Павзаниј веднаш бил убиен токму од луѓето на Александар, а не бил фатен жив. Доколку бил оставен жив тој би можел да ја каже вистината за тоа кој го натерал да го изврши убиството.