Лучијано имал бизниси низ целата земја. Неговиот долгогодишен пријател Мaер Лeнски бил неговата десна рака и советник. Кога холандскиот Дач Шулц одлучил да го убијат Менхетен, јавниот обвинител Томас Дјуи, во директно кршење на налозите на Лучиано, Шулц бил наместо погубен.
Лучијано го достигна врвот на подземниот свет на Америка, режија на кривични правила, политики и активности, заедно со газдите друго семејство. Тој имал моќно криминално семејство кое сега го понесе неговото име и ги контролирал профитабилните кривични рекети како коцкање, трговијата со дрога и изнудување.
Лучијано укина насловот на Capo Di Tutti I CAPI, инсистирајќи на тоа дека позицијата создадва тензии и проблеми меѓу семејства. Тој мислел дека церемонијата да се ‘направи војник” во семејството треба да се направи. Маер Ленски сепак,се сврте против него, тврдејќи дека на младите луѓе им потребни риуали за да се држат до нив. Лучијано, исто така, ја истакна важноста на оmerta, заклетвата на молчење и се чува организациската структура која Маранзано ја воспоставил.
Лучијано, под инсистирање на Џони Торио, формираал управно тело на мафијата. Тој ја организирал Комисијата со газдите на мафија семејствата. Комисијата ги решила сите недоразбирања меѓу семејствата. Ова биле најважните иновации на Лучиано. Комисијата одлучила кои семејства ќе контролирааат одредени територии. Ако поединец од мафијата реши да превземе некаков чекор, неговиот шеф мора да се состане со Комисијата и да добие одобрување од нивната одлука. Сите челнови на Комисијата требало да имаат иста моќ и еден глас, но во реалноста некои семејства и шефови биле помоќни од другите.
Владеењето на Лучиано било релативно кратко. Обвинителот Томас Е. Дјуи, иднината на републиканскиот претседателски кандидат (подоцна Лучијано потврдил дека Комисијата не направила сè што може за да Дуи стане претседател во замена за враќање на Лучиано во Америка), го издвоил Лучијано како лидер на организираниот криминал, заедно со другите. Лучијано претходно гласал против предлогот на холандскиот Шулц за да се убие Дуи по што Шулц ги повторил истражувања за Дуи.
За време на Втората светска војна, Владата на САД, подготвила таен договор да се затвори Лучијано. Армијата на САД за воено разознавање знаела дека Лучијано одржува добри врски во Сицилија и италијанската мафија, кои биле сериозно прогонувани од Бенито Мусолини. Лучијано бил лојален Американец кој бил посветен на мафијата во Сицилија, а исто и на САД. Неговата помош се барала во обезбедувањето на мафијата за да се спречи можна оска на инфилтрација на САД, за време на операцијата Лавина и неговите врски во Италија и Сицилија биле прислушувани да достават интелигенција и да се обезбеди лесен премин за силит на САД кои се вклучени во италијанската кампања. Алберт Анастасија, кој ги контролирал доковите, ветил дека нема да се дозволи да се појават штрајкови. И за време и по војната, воените и разузнавачките агенции наводно ги користеле врските со мафијата, за Лучијано да го искорени комунистичкото влијание на локалните власти. Во замена за својата соработка, на Лучијано му било дозволено да се кандидира неговата криминална империја од неговата затворска ќелија.
Лучијано подоцна рекол дека неговиот придонес во воените напори биле фарса, со цел само за да добие ослободување од затвор.
Во 1946 година, како награда за неговата воена соработка, Лучијано бил условен да замине во САД и да се врати во Сицилија. Тој го прифатил договорот, иако за време на судењето изјавил дека тој бил роден во Њујорк и затоа не е предмет на депортација. Тој бил длабоко повреден бидејќи морал да ги напушти Соединетите Американски Држави, земја која ја смета за своја уште од неговото пристигнување на десет годишна возраст.