Истрагата на Специјалното обвинителство за организиран криминал утврдила дека убиството на Аркан го нарачал лично Слободан Милошевич.
Како што наведува еден српски портал, Милошевиќ издал налог до тајната полиција да се ликвидира Аркан како „голема закана за уставниот поредок и националната безбедност“. Милошевиќ на ова се одлучил од најмалку две причини.
Прво, Милошевиќ се исплашил дека Аркан може да се спогоди со Хашкото обвинителство и да сведочи против него. Второ, до поранешниот лидер на СПС во тоа време дошле „сигурни информации“ дека Ражнатовиќ одржува контакти со западните разузнавачки служби и дека во тек се преговори за склопување сојуз со опозицијата тогаш собрана во коалиција со ДОС.
Во Специјалнот обвинителство, инаку, рекле дека доказите кои го поврзуваат Милошевиќ со ова злосторство „се’ повеќе од цврсти“. Станува збор за документи, но, и за искази на оние кои директно или индиректно учествувале во самото убиство на Жељко Ражнатовиќ Аркан.